Nos vários suplementos disponíveis no mercado
aparecem várias formas de carnitina oral, entre elas a L-carnitina, a
D-carnitina e a DL-carnitina, estas duas últimas são as que estão associadas à
maioria dos efeitos secundários mas encontram-se com frequência nestes
produtos. Devem ser evitados os produtos que as contenham.
Estão relatadas interações da L-carnitina com o
ácido valpróico e com o benzoato de sódio. É provável que o ácido valpróico,
medicamento usado no tratamento das convulsões, produza toxicidade se o doente
tratado tiver uma deficiência de carnitina, pois o medicamento pode dar lugar a
uma diminuição nos níveis desta substância. Pode também incrementar os níveis da varfarina,
medicamento anticoagulante, e assim o risco de hemorragia.
A carnitina não deve ser usada em combinação com algumas substâncias tais como a pseudoefedrina e a cafeína pois podem aumentar os efeitos colaterais da carnitina, que são náuseas, vómitos, gastrites e úlceras, espasmos abdominais e diarreia.
Pode também causar diminuição dos níveis de açúcar
no sangue em pessoas com dietas baixas em hidratos de carbono e uma redução na taxa de
metabolismo das gorduras, podendo aumentar os lípidos no sangue (colesterol e
triglicerídeos) após a suspensão do tratamento.

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